상냥하고 의젓한 사츠키와 장난꾸러기에 호기심 많은 메이는 사이좋은 자매다. 둘에게는 도쿄에서 대학 연구원으로 일하는 자상한 아버지와 지금은 입원 중이지만 따뜻한 미소를 잃지않는 어머니가 있다. 어머니의 병세가 호전되자 자매는 아버지를 따라 어머니가 퇴원 후 요양할 수 있는 한적한 시골로 이사한다. 도토리 나무가 우거진 숲 한 복판에 위치한 다 쓰러질 것처럼 낡은 집. 자매는 두려움을 느끼지만 집 안 구석구석을 청소하면서 새로운 생활에 마음이 설레인다.

학교에 다니는 언니 때문에 항상 혼자인 메이는 어느날 신기하게 생긴 작은 동물을 쫓아 숲 속을 헤매다가 도토리 나무의 요정인 '토토로'를 만난다. 메이는 사츠키가 돌아오자마자 '토토로'를 만난 것을 자랑하지만 사츠키는 믿지 않는다. 그러나 비가 몹시 쏟아지던 날, 아버지에게 우산을 드리러 기다리던 길, 사츠키도 토토로를 만나게 된다. 비를 맞는 토토로에게 우산을 빌려주자 토토로는 답례로 도토리 씨앗을 건네주는데...