몸은 작아졌어도 머리는 그대로! 불가능을 모르는 명탐정! 진실은 언제나 하나!"

6건의 연쇄살인 사건 발생 그러나 그것이 끝이 아니었다!
도쿄를 중심으로 6건의 살인사건이 발생했다. 피해자들 옆에는 알파벳이 새겨진 6개의 마작패만이 남겨져 있다. 그리고 마지막 희생자가 남긴 한마디 "칠석, 교!"

사건의 진실을 밝히고 범인을 잡기 위한 특별 수사회의가 열리고 유명한 탐정과 코난은 수사회의에 참석하여 사건의 전모를 듣게 된다. 그러나 성별도, 직업도, 사는 곳도 다른 이들 6명의 피해자에게는 그 어떤 공통점도 없다! 사건은 해결의 실마리를 찾지 못하고 점점 미궁 속으로 빠져든다.

한편 회의를 마치고 돌아가던 코난은 검은조직의 일원인 '진'의 검은색 차량을 발견하게 되고 수사관 중 한 명이 그 차를 타고 떠나는 것을 목격한다. 코난은 경찰 내부에 잠입하며 정보를 캐내는 스파이가 있다는 것을 눈치채게 되고, 이 사건이 단순 연쇄살인 사건이 아님을 직감하게 된다.