해적의 시대가 종말을 향해 치닫게 되면서 동인도 회사의 커틀러 베켓 경 (톰 홀랜더 분)은 유령선 플라잉 더치맨 호와 그 선장 데비 존스 (빌 나이 분)를 통제할 힘을 갖게 된다. 더치맨 호는 제임스 노링턴 제독 (잭 데븐포트 분)의 지휘하에 5대양을 누비며 해적선들을 소탕하고 다닌다.

  윌 터너 (올랜도 블룸 분)와 엘리자벳 스완(키이라 나이틀리 분), 바르보사 선장 (제프리 러쉬 분)는 플라잉 더치맨과 베켓의 함대에 맞서기 위해 해적 연맹의 아홉 영주들을 소집한다. 그러나 아홉명의 영주 중 빠진 사람이 한명 있었으니 그는 바로 잭 스패로우 선장 (조니 뎁 분). 최고의 해적 혹은 최악의 해적으로 꼽힐만한 인물 잭 스패로우는 2편에서 괴물 크라켄에게 먹혀 데비 존스의 저승으로 잡혀간바 있다.