포켓몬을 수집하고 있던 라단 박사는 루기아를 불러내기 위해 여러 신들을 깨운다. 그 과정에서 라단 박사에게 끌려간 지우 일행은 박사에게 잡혀 있던 신들을 구하려고 애쓰던 중 루기아를 만나게 된다. 루기아는 그들에게 신들을 원래의 상태로 되돌려 놓지 않으면 세상이 멸망한다는 것을 알려주고, 이를 전해들은 일행은 멸망을 막기 위해 모험을 떠난다.

*출처 : 다음영화